以人才培养科学发展观为指导思想，依托复旦大学整体学科优势，注重学生综合素质的培养,凸现培养创新思维能力，较强动手能力，良好科研素质实践教学训练。设立一个培养目标明确，培养方案科学合理,遵循“厚基础，宽口径，重能力，求创新”的教学理念，构建“一体化、模块式、综合型、开放式”的本科生生物学实验教学体系和“统一规划，统一建设，统一管理”的管理运行机制。拟在新的阶段进一步整合与改建教学系统，增设以发育生物学，进化生物学，蛋白组学等为重要实验内容的综合型实验室。进一步扩大实践教学的内容和范围，为学生提供自主独立设计实验，为开展研究性实验教学展开深入的探讨和实践，建立一个科学，合理，可行，具备培养学生动手能力，分析能力，创新能力的实验教学新体系。
本科生实践教学理念与人才培养目标
在本科生教育中明确以“教师为主导，以学生为核心”的教学定位，贯彻“宽口径；厚基础；重能力；求创新” 的教学思想，实施“注重基础教学，广博综合知识；加强实践训练，重视能力培养；引导积极思维，鼓励科学创新”的教学措施。在实验内容、教学方法、管理体制、培养方向等诸多环节进行深入和持续的改革，提出更科学、更适合学科和社会发展的实践教学体系，为我国培养出杰出的建设人才。这个实践教学体系通过构建一个“一体化、模块式、综合型、开放式”实践环节建设，融合科研与教学内容，实施多种形式的实践教学模式，拓展学生教育空间。为国家培养一批具有深厚的基础知识；具有敏锐的创新意识；具有积极的进取精神；具有杰出的学习能力；具有诚信的人生品德；具备国际竞争能力的一代英才。
综合与创新实验的安排与比例，实现学生综合能力的培养
突出学生创新和综合能力的培养，在各个实践环节提高综合型、设计型、创新型实验的比例，建立一个综合型，设计型实验达到50％的实验内容体系。鼓励学生的独立思维，提供学生独立设计实验的条件，发挥教师的主导作用，促进学生的个性发展
培养学生的科学思维和科学研究能力是实验教学的重要任务，细胞学实验、遗传学实验、高级生化技术课程，在加强基本技能操作训练的基础上，普遍增加综合性、自主设计性实验，学生可独立也可以小组形式完成。体现了四个特点：
技能化，以基本技能训练为主线，改造验证性实验，引入现代技术方法）；多元化，加强综合性、设计性、研究性实验；个性化，开设自选性实验、开放实验；
创新性，科学研究思维和方法引入实验教学，科学研究成果转化为实验教学内容。
在实践教学中注重学生的主体地位和教师的主导地位，将实验辅导转变为实验引导，提倡学生自主性实验；将静态实验内容转变为动态的实验内容，突出综合设计和创新精神，强化实验思路和动手能力的锻炼和考验；将实验原理通过课堂学习转化为可操作性的实验设计，将面向结果转变为面向过程，注重提高学生分析问题与解决问题的能力。
实验教学开展独立工作能力和科学素质的培养。
整合设计一个鼓励学生个性发展和创新能力培养的实验教学体系。实验教学的内容覆盖的学科全面，技术先进，设计合理。注重启发学生独立思维的综合实验的设计。在教学方法上采取讨论式，互动式的教学方法，充分调动学生的积极性，使学生更好的理解和掌握实验要求和实验原理；实验过程中，开展实验设计方案的讨论，分析同学生各种设计方案的优劣，深入进行实验结果的讨论。以一系列的教学方式提高学生实践能力的综合素质。
同时，实践教学环节也延伸至课外，通过设立“本科生科研专项基金” 支持学生参加“全国大学生论文挑战杯赛”，组织学生暑期社会实践活动等形式，在实践教学中展示一个全方位、开放式实践教学模式。鼓励学生独立设计研究课题和创新型实验。通过课堂内外的多种实践教学形式提高学生动手实验、设计实验和创新实验的能力。
在科学研究训练实验室或教师的科研实验室进行，课题来源于教师提出的有一定科学价值、社会发展有关的科研小课题、学生根据所学知识自行设计的课题、以及学生申请的大学生业余科研基金项目，经课程指导小组评议通过后进行。要求学生通过课题研究，完成文献资料查询、开题报告、研究技术路线设计、实验研究以及论文写作全过程，以使学生得到科学研究思想和方法的初步训练。
完善本科生实验教学内容体系
构建一个“一体化、模块式、综合型、开放式”的本科生生物学实验教学体系”，即一体化的管理模式、模块式的实验教学体系、综合型实验内容、全方位开放式的科研培训。这个实践教学体系为提高本科生综合素质奠定了基础，以培养学生动手能力，创新能力，思维能力目标的均衡发展教育理念是继续深化实验教学改革的重点和发展趋势。制定的不同层次的、面向各专业本科生的生物学实验课程及其教学内容，打破了实验课程设置过多、部分内容交叉重复的传统生物学实验教学体系，为学生综合实践能力提供了发展空间。
实验中心对实验教学内容进行全面整合和优化，以专业基础知识和基本技能为主线，重点在于深化学生对专业基础理论的理解和加强学生专业基本技能的训练，划分4个模块，构建相近学科和实验技能模块式、不同学科层次的实验教学内容相互衔接的生物学实验教学新体系。
形态结构分析模块：动物学实验、植物学实验。
生理活动分析模块：生理学实验。
细胞结构分析模块：微生物学实验、细胞学实验、遗传学实验。
生物大分子结构与功能分析模块：生物化学、基因工程实验。
生物学普及综合模块： 普通以及现代生物学实验。
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